Mala Remeta ubraja se među fruškogorske svetinje koje je narodno predanje pripisalo ktitorstvu „sremskog“ kralja Dragutina Nemanjića. Pobožni srpski vladar je, sudeći po usmenim predanjima i beleškama, koje su nekada čuvane u manastiru Beočinu, podigao ovaj manastir početkom 14. veka, darujući ga Rači na Drini, kao metoh. Ipak, prvi pouzdani pisani podaci o Maloj Remeti nalaze se u turskim katastarskim defterima iz 1564. i 1566–1567. godine. Nazivana je Remetsko i Remeta, baš kao što je slučaj sa Velikom Remetom ili Šišatovcem, a po određenoj otkupnini, koja je iznosila čak 6.000 akči, može se zaključiti da je posedovala pozamašno imanje. U osmanskim poreskim dokumentima sreće se i početkom 17. veka, ali sva je prilika da je nedugo potom bila spaljena i raseljena, jer je patrijarh Arsenije III (Čarnojević) tu poslao izbegle račanske monahe, koji je obnavljaju, zajedno sa ugašenim Beočinom. Opis iz 1753. godine navodi da je remetski hram bio sazidan od kamena, kao i da je postradao u poslednjem ratu Habzburške monarhije sa Osmanskom carevinom. Kao „drevna građevina“, ova crkva spominje se više puta u 18. veku, uz napomenu da je Remetsko tada bilo metoh manastira Beočina.

Izgradnja sadašnjeg hrama započeta je 1739. godine, pod igumanom Prohorom, po uzoru na manastir Bešenovo. (Eparhija Sremska)