Planirani objekat Prirodnjačkog muzeja predviđen je kao delimično ukopani, slobodnostojeći objekat, sa dva formirana nivoa . Objekat je planiran kao sastavni deo parka, sa zelenim, prohodnim i javno dostupnim krovom, koji se uzdiže postepenom denivelacijom od severozapadnog, jugozapadnog i jugoistočnog dela, ka središnjem, severoistočnom delu, orijentisanom ka reci, do visine 9,34 m, čineći tako neprekinutu zelenu površinu parkovskog prostora. Ulaz u objekat muzeja nalaziće se na središnjem, težišnom delu objekta u najužoj zoni, sa nivoa prizemlja, u okviru pristupnog platoa koji spaja Bulevar Nikole Tesle sa šetalištem uz obaloutvrdu. Sam objekat je pozicijom ulaza i otvorenog, javnog prolaza u nivou partera funkcionalno podeljen u dva krila, severozapadno i jugoistočno, koji su u nivou podzemne etaže i galerijskog prostora povezani. Severozapadno krilo predstavlja izložbeni prostor u punoj visini objekta (dve etaže), dok jugoistočno krilo predstavlja radni deo u prizemlju , odnosno muzejske depoe u podzemnoj etaži.

Novi prirodnjački muzej će biti objekat sa tri formirana nivoa – podzemnim nivoom (P01), nivoom prizemlja (PR) i nivoom galerije (GP). Osnovnu prostornu organizaciju muzeja činiće ulazni hol, depoi muzeja (pozicionirani u desnom krilu objekta, gledano ka reci), izložbeni prostor (pozicioniran u levom krilu objekta, gledano ka reci), administrativni prostor (pozicionirane celom dužinom fasade orijentisane ka reci), centralna biblioteka i kafe/restoran, kao i garaža – pozicionirana levo od izložbenog prostora na koti -3,50 (gledano ka reci).

Prostor ispred fasade (severna strana objekta, prema Dunavu) osmišljen je kao eksperimentalna bašta koja osim estetskih vrednosti čini i tampon zonu između šetališta (keja) i objekta Prirodnjačkog muzeja. Prema idejnom projektu, a u skladu sa konkursnim rešenjem, predviđena je aleja listopadnog drveća koja čini glavnu aksu na području parka Ušće. Sadnja dvoredne aleje se predviđa celom dužinom staze na potezu od Brankovog mosta do Akvarijuma, osim na području kulturnog dobra - Parka prijateljstva gde već postoji dvoredna aleja platana. Osim sadnje novih stabala, predviđeno je i presađivanje već zasađenih mladica (sa površine na kojoj je pozicioniran objekat Prirodnjačkog muzeja) na nove pozicije predviđene projektom.