Pored današnje crkve nalazio se dominikanski samostan Sv. Nikole, sagrađen 1545. g., koji je napušten krajem 18. veka. U vreme Napoleonovog osvajanja Boke, 1808. godine, deo prostora je poklonjen pravoslavnima da sagrade crkvu,koji su do tada imali samo malu crkvu Sv. Luke, a samostan su pretvorili u kasarnu, čiji se ostaci nalaze u blizini crkve i danas. Preduzeti su opsežni radovi da se crkva adaptira za pravoslavno bogosluženje. Osvećenje je izvršio arhimandrit Gerasim Zelić, tadašnji episkopski vikar, na Nikoljdan 19. dec. 1810. g. Na tom mestu pravoslavna crkva je postojala od 1810. godine do Badnje večeri 1896. godine kada je zajedno sa francuskom kasarnom izgorela u požaru. Crkva je služila Gospodu čitavih 86 godina.Uzrok požara nikada nije utvrđen.

Crkva posvećena Svetom Nikoli[a] je izgrađena početkom 20. veka, u periodu od 1902. i 1909. godine, na temeljima starije sakralne građevine koja je stradala u požaru u 19. veku.

Ikonostas ove crkve slikao je Franjo Cigler, profesor slikanja u kotorskoj gimnaziji, po poreklu Čeh. Po ugledu na ruske ikone toga vremena, prestone ikone imaju srebrni okov - rad kotorskih majstora.

Crkvu je projektovao poznati hrvatski arhitekta Kiril Iveković. (Wikipedia)