Muzej je osnovan oktobra 1947. godine odlukom Gradskog narodnog odbora Pirota pod nazivom Narodni muzej. Već je posedovao izvestan broj predmeta, uglavnom poklona od građana Pirota i okoline. Odlukom Skupštine opštine Pirot, Muzej je 1969. godine dobio današnji naziv.

Organizacionu strukturu Muzeja čine odeljenja za arheologiju, etnologiju, numizmatiku, istoriju i istoriju umetnosti.

Kuća porodice Hristić predstavlja najbolje očuvani spomenik tradicionalne arhitekture iz sredine XIX veka u Pirotu. Svojom lepotom i graditeljskim karakteristikama premašuje granice Srbije i čini deo kulturne baštine Balkana.
Pripadala je uglednom pirotskom trgovcu Hristi Jovanoviću. On ju je podigao kao dom za svoju porodicu. Po predanju građena je dve godine i dovršena je 5. aprila 1848. godine.

U kući je živeo Hrista Jovanović sa svojom porodicom, a kasnije i njegovi naslednici, koji su prezime Jovanović, preinačili u Hristić. Posle Drugog svetskog rata, kuća menja svoju namenu jer je Opština Pirot dodeljuje novoformiranom narodnom muzeju u Pirotu. Kuća u rasporedu i detaljima ima sve odlike balkansko orijentalnog stila. Karakteriše je sklad unutrašnjih prostorija i u isto vreme raskošnost fasade i krova. (https://muzejpirot.com/2025)