Sjedište maglajske župe u srednjem vijeku je bilo u današnjem muslimanskom selu koje nosi znakovito ime Misurići. To je stari hrvatski naziv na ikavici: „misu rići”-reći misu. Za vrijeme provale Eugena Savojskog u Bosnu 1697., župa je propala, a brojni katolici Hrvati su raspršeni po cijeloj ondašnjoj Austro-Ugarskoj monarhiji. Za vrijeme Austro- Ugarske monarhije, početkom 20. stoljeća, u gradu Maglaju sagrađena je manja crkva u čast sv. Ante, za potrebe nekolicine katoličkih činovnika koji su u to vrijeme živjeli i radili u Maglaju.

Župu Maglaj ponovo je oživio 1970. prvi maglajski župnik vlč. Josip Mikić. Drugi maglajski župnik, vlč. Anto Baković, 1976. ruši staru maglajsku crkvu, mijenja patron župe, pa umjesto omiljenog svetog Ante, oduševljava župljane da prihvate gotovo nepoznatog blaženika Leopolda Bogdana Mandića. Gradnja nove crkve trajala je dvije godine, na čijoj je unutrašnjosti radilo nekoliko poznatih hrvatskih umjetnika: Josip Botteri, Mirko Ostoja, Zlatko Latković i drugi.
Kada su završeni svi građevinski, zanatski i umjetnički radovi, crkva je dočekala i svoju svečanu posvetu.Tako je grad Maglaj dobio bijelu golubicu, kako je s divljenjem i ljubavlju zovu vjernici.

17. lipnja 1979. Pietro Bernardi, generalni vicepostulator za Bogdanovo proglašenje svetim, predaje sarajevskom nadbiskupu dr. Marku Jozinoviću dio Bogdanove svete desnice uz ove riječi:,,Da bi bila življa njegova prisutnost u njegovoj Bosni, donio sam komadić njegove svete ruke, one ruke koja se podizala milijune puta da blagoslovi i pomiri ljude s Bogom. On je želio da barem njegove kosti nađu svoje počivalište usred njegova naroda, i danas se, barem djelomično, ostvaruje ta njegova želja.”

Nakon zadnjeg rata, Svetište je pretrpjelo teška razaranja. Godine 1999. župnik se vraća u Svetište te započinje obnovu crkve, Svetišta i župne kuće. U mjesecu svibnju 2014. godine, Maglaj je pogodila strašna poplava, koja je većim dijelom oštetila Svetište i crkvene objekte. Uz pomoć donatora, vjernika hodočasnika i župljana, Svetište i crkveni objekti su sanirani. (https://leopoldmaglaj.ba/)